ميراث كلامى- فلسفه مكتب شيراز با مركزيت يافتن اصفهان در پى‌ ظهور صفويه و انتقال يافتن پايتخت به اين شهر منتقل شد و مكتب اصفهان پديد آمد. كربن ذيل عنوان«ميرداماد و مكتب اصفهان» نقش عمده‌اى به ميرداماد در تشكيل مكتب مستقل مى‌‌دهد و پيشنهاد مى‌‌كند.«كه شمارى‌ از انديشمندانى‌ كه در اين دوره در ايران پا به عرصه وجود نهادند، زير عنوان مكتب اصفهان طبقه بندى‌ شود». ابوالقاسم ميرفندسكى‌ در اين مكتب ظهور كرد . ابراهيمى‌ دنيانى‌ از مكتب اصفهان به «حوزه فلسفى» تعبير مى‌‌كند و آنرا شامل دو جريان عمده مى‌‌داند: جريان حكمت متعاليه و جريانى‌ كه رجب على‌ تبرييزى‌ در رأس آن بود و به گونه‌اى متفاوت با نظام حكمت متعاليه مى‌‌انديشيد. (1/334). چنين مى‌‌نمايد كه در اين دوره 4 جريان عمده فلسفى‌ (جريان مشايى‌ ميرداماد، جريان اشراقى‌ ميرفندرسكى،‌‌ جريان حكمت متعاليه صدرايى‌ و جريان فكرى‌ رجب على‌ تبريزي)، فعاليت داشت و در كنار آن يك جريان كلامى‌ در عين حال قابل توجه، دركار بود؛ جريانيكه مى‌‌تواند از آن به «مكتب كلامى‌ اصفهان» تعبير كرد. شخصيت برجسته اين مكتب عبدالرزاق لاهيجانى‌ (د1072ق/1662م)، و سپس پسر او ملا حسن لاهيجانى‌ (1045-1121ق/ 1635-1709م)بود. (معصوم عليشاه ، 3/162؛ صدرايى،‌‌ 11-23؛ ). عبدالرزاق شاگرد و داماد ملا صدرا بود، اما هرگز مانند شاگرد و داماد ديگر او ملا حسين فيض كاشانى‌ 1007-1091ق/1598-1680م)، مجذوب حكمت متعاليه نشد. و حتى‌ به نقد و رد برخى‌ از نظريه‌هاى بنيادى‌ اشراقي- مثلا نظريه عالم برزخ- پرداخت. وى‌ تجريد الاعتقاد، يعنى‌ برجسته‌ترين كتاب كلامى‌ خواجه نصير را به نام شوارق الهام شرح و تفسير كرد و آثار كلامى‌ برجسته‌اى به زبان فارسى‌ نوشت. فرزند او ، ملا حسن ، گرچه فيلسوف معرفى‌ مى‌‌شود، اما تلاشهاى كلامى‌ او همانند پدرش چشمگير است. ملا حسن آثار كلامى‌ خود را به فارسى‌ نوشت. كربن بر تلاش كلامى‌ ملا حسن تاكيد مى‌‌كند و مى‌‌نويسد: وى‌ داراى 12 اثر، به وبيژه در فلسفه امامت شيعى‌ است. از روزگار صفوى‌ با اعلام مذهب شيعه به عنوان مذهب رسمى‌ ايران، كلام شيعى‌ در سير انديشه‌هاى كلامى‌ در ايران نقش عمده به عهده مى‌‌گيرد و زبان فارسى‌ به عنوان زبان بخشى‌ از آثار فقهى‌ و كلامى‌ حضورى‌ چشمگير مى‌‌يابد.

آثارى‌ چون سرمايه ايمان و همانندهاى آن، از همين ديدگاه و با همين هدف تاليف شد. گذشته از اين حركت كه حركتى‌ است كلامى،‌‌ بدام سبب كه دانش كلام، چونان فلسفه مشا ، اشراق و عرفان ، و دست كم گاه با حال و هوايى‌ خاص در شكل گيرى‌ حكمت متعاليه نقشى‌ ويژه داشته ،وتحقيقات كلامى‌ ملاصدرا نيز در خور توجه است، سير حكمت متعالى‌ به معنى‌ سير ضمنى‌ دانش كلام نيز هست. نه فقط در آثارحكماى مكتب شيراز- كه رنگ كلامى‌ دارد- در آثار ملاصدرا و پيروان وى‌ تا حكيم سبزوارى‌ و آثارى‌ كه پس از سبزوارى‌ تا كنون پديد آمده است، مى‌‌توان مسائل كلامى‌ را در هيأتى‌ فلسفى‌ و با نگاهى‌ فلسفى،‌‌ آشكارا مشاهده كرد وبدين سان ، نه تنها از گونه‌اى حضور و استمرار كلام ، ضمن فلسفه‌، سخن گفت كه حتى‌ مى‌ توان از گونه اى كلام در هيات فلسفه يا گونه اى كلام فلسفى‌ سخن به ميان آورد. مكتب اصفهان ، مكتبى‌ گسترده و پر رونق بود و حتى‌ بدان گاه كه در عصر فتحعلى‌ شاه ( 1212-1250 ق/ 1797- 1834م) زمينه هاى انتقال آن به تهران فراهم مى‌ آمد، بنا به نوشته ملاعلى‌ نورى‌ (د1246ق/ 1830م)،مدرس بزرگ علوم عقلى‌ در اين مكتب ، قريب دو هزار دانشجو در علوم عقلى‌ به تحصيل مشغول بودند كه حدود 400 تن از آنان در مراحل عالى‌ به تحصيل اشتغال داشتند.