تاريخ مسكن گزينى ‌‌قوم يهود در ايران به حدود 3 هزار سال پيش و هنگام مهاجرت اجبارى‌‌آنان از فلسطين به آشور، بابل و بخشهاى غربى‌‌و مركزى‌‌ايران در طى‌‌چند دوره متوالى‌‌باز مى‌ گردد. گرچه بسيارى‌‌از اين مهاجران يهودى ‌‌پس از قدرت يافتن كورش و فرمان او درباره آزدى‌‌يهوديان ، و ادامه اين فرمان در زمان پادشاهى‌‌داريوش اول و اردشير دوم به سرزمين اصلى‌‌خود بازگشتند و با كوششهاى عزرا و نحميا به تجديد بناى معبد و تقويت مبانى‌‌حيات دينى ‌‌و اجتماعى‌‌خود پرداختند. ليكن بخش بزرگى‌‌از آنان همچنان در سرزمينهاى ايرانى‌‌باقى‌‌ماندند وبه تابعيت حكومت ايران درآمدند. در هنگام ورود اسلام به ايران عمده‌ترين مراكز جمعيت يهودى‌‌در بابل، (عراق)، در شهرهايى‌‌ چون سورا، پومبديتا و تيسفون، و پس از آن در ديگر شهرهاى ايران همچون حلوان، همدان، نهاوند. جندى‌‌شاپور، اهواز. شوش، تستر و مناطق خراسان ، قهستان و جرجان بود. اين قوم از قرنها پيش در اصفهان محلى‌‌به نام يهوديه را براى سكنى‌‌اختيار كرده بودند و بلاذرى‌‌در داستان فتح اصفهان به قرار داد صلحى‌‌كه در يهوديه بسته شد، اشاره كرده است. اصطخرى ‌‌نيز در مسالك الممالك از حضور يهوديان در فارس سخن مى‌ گويد.

پس از ورود اسلام به ايران، يهودان نيز مى‌ بايست همانند ساير اهل ذمه خراج و جزيه بپردازند؛ در عوض در اجراى شعائر دينى‌‌خود، انتخاب شغل و محل زندگى ‌‌و مهاجرت آزاد بودند و در حمايت حكومت اسلامى‌‌قرار داشتند. گرچه قوانين محدود كننده‌اى همچون عدم اجازه ساخت كنيسه جديد، لزوم كوتاهتر بودن كنيسه‌هاى موجود از مساجد ، سوار شدن بر الاغ و قاطر به جاى اسب،حمل نكردن سلاح، پوشيدن لباس خاص و يا لباسهايى ‌‌با علامتهاى ويژه، نيز در مواقع مختلف وضع مى‌ شد. اما اجراى اين قوانين پراكنده و موقتى‌‌بود و يهوديان در حكومت اسلامى‌‌به طور كلى ‌‌در وضعى‌‌بسيار بهتر از آنچه در حكومت بيزانس داشتند زندگى ‌‌مى‌ كردند.

در دوران خلفاى راشدين و پس از آن در عهد امويان و عباسيان، جامعه يهود ايران رو به رشد نهاد و دوره جديدى ‌‌از حيات فرهنگى ‌‌و اجتماعى ‌‌خود را آغاز كرد. در اين دوران ، يهوديان به سبب برخوردارى ‌‌از امنيت و برخى‌‌آزاديهايى كه داشتند، از رفاه نسبى ‌‌برخوردار بودند و بر جمعيت آنان افزوده گشت. در دو شهر سورا و پوميديتا مدارس دينى ‌‌يهودى‌‌ وجود داشت كه رئيس آنها گائون1 يا غائون (عالى‌‌جناب) ناميده مى‌ شد. گائونها رهبرى ‌‌علمى ‌‌و معنوى ‌‌جامعه يهود را بر عهده داشتند و نزد مردم از احترام خاصى برخوردار بودند. حكومت اسلامى ‌‌نيز رأس جالوت (رئيس جلا كردگان) را- كه نسب او به داوود (ع) مى‌ رسيد- رهبر سياسى‌‌اين قوم مى‌ دانست. راس جالوت مسئوليتهاى اجرايى ‌‌جامعه يهود، همچون جمع‌آورى‌‌جزيه و تحويل به موقع آن را بر عهده داشت و از امتيازات ويژه‌اى برخوردار بود

جماعتهاى پراكنده يهود در شهرهاى مختلف ايران همه ساله اعانات خود را به مركز اداره جامعه يهودى‌‌(رأس جالوت و گائون) مى‌ فرستادند و آنان نيز قضات و روحانيونى‌‌را براى اداره جوامع يهود و اجراى شعائر دينى‌‌به اين شهرها گسيل مى‌ كردند. فعاليتهاى فرهنگى ‌‌اين فرستادگان به ويژه در دو شهر همدان و اصفهان چشمگير بود و منجر به تبديل اين دو شهر به دو مركز فعال فرهنگى‌‌ يهود در 6 قرن نخست هجرى ‌‌گرديد. تنها در اواخر خلافت عباسيان بود كه ميان گائون سورا و پومبديتا بر سر تعيين رأس جالوت اختلافاتى ‌‌بروز كرد كه مدتها طول كشيد و در ضمن آن در رأس جالوت به قتل رسيدند. به همين دليل از زمان خلافت راضى ‌‌بالله ابن منصب خالى‌‌ماند و از آن پس كسى‌‌به عنوان رأس جالوت برگزيده نشد.

اين دوران همچنين شاهد قيامهاى مختلف و ظهور فرقه‌هاى گوناگون در جامعه يهود بود كه از ميان آنان مى‌ توان به قيام اصفهان و فرقه قرائيم اشاره كرد. همزمان با اواخر عهد خلافت امويان، خياطى ‌‌اصفهانى‌‌به نام عوبديا ابوعيسى‌‌يهودى،‌‌ خود را مسيح ناميد. موسى‌‌، عيسى،‌‌ و محمد (ص) را به پيامبرى ‌‌شناخت و تغييرات بنيادينى ‌‌را در دين يهود آغاز نمود. وى‌‌به تدريج از يهوديان اصفهان و نقاط ديگر را به دور خود گرد آورد و قيام نافرجامى‌‌را به راه انداخت كه با مداخله سپاهيان خليفه و كشته شدن وى‌‌در نبرد پايان يافت.

از سوى‌‌ديگر فرقه قرائيم كه معتقد به پيروى‌‌از نص تورات بود و با تفسيرهاى تلمودى‌‌و ربانيون يهودى‌‌مخالفت مى‌ ورزيد، نيز در همين دوران(سده‌هاى 2-4ق/8-10م). توسط شخصى‌‌به نام عنان بن داوود شكل گرفت و در بغداد و مناطق اطراف آن و همچنين در ميان يهوديان شهرهاى مختلف ايران پيروان بسيار پيدا كرد. دو چهره برجسته بعدى‌‌اين فرقه يعنى‌‌بنيامين نهاوندى‌‌و دانيال بن موسى‌‌قومسى‌‌هر دو از ميان يهوديان ايران برخاستند. رشد و گسترش فرقه قرائيم با تلاشهاى سعديا ابن يوسف (سعديا گائون)، رئيس مدرسه دينى‌‌سورا ، و گائونهاى پس از او به تدريج محدود، و سرانجام متوقف گرديد.

در زمينه اقتصادى‌‌، لزوم پرداخت خراج سنگين- كه از درآمد حاصل از كشت زمين گرفته مى‌ شد- همراه با جزيه، به تدريج يهوديان ساكن در روستاها را واداشت تا زمينهاى خود را بفروشند و جوامع روستايى‌‌را ترك گويند و در شهرها ساكن شوند. اين روال كه تا دوران جديد نيز ادامه داشته است، باعث اشتغال هر چه بيشتر اين قوم در امر معاملات، تجارت، گردآورى‌‌سرمايه، وام دادن پول(گاه حتى‌‌به حكومت اسلامي) و ساير حرف و صنايع مورد احتياج مردمان شهرنشين ، همچون نساجى،‌‌ رنگرزى،‌‌ زرگرى‌‌و جواهر فروشى‌‌، طبابت و دارو فروشى‌‌گرديد.

امنيت و آسايش نسبى‌‌يهوديان در 6 قرن نخست حكومت اسلامى‌‌افزايش جمعيت آنان در نقاط مختلف ايران، خصوصا در مناطق شهرى‌‌و رونق اجتماعى‌‌و اقتصادى‌‌جوامع آنان در آثار برخى‌‌از نويسندگان و محققان مورد تأكيد قرار گرفته است. در سفرنامه بنيامين تطيلى‌‌كه از قرن 6ق/12م بر جاى مانده، مطالب بسيارى‌‌درباره اوضاع و احوال يهوديان در شهرهاى ايران، شمار تقريبى‌‌جمعيت آنان، و پيرويشان از رهبرى‌‌معنوى‌‌و سياسى‌‌گائون آمده است. از گزارش بنيامين همچنين مى‌ توان دريافت كه در آن دوران تسهيلات بسيارى‌‌براى مسافرت و تجارت يهوديان وجود داشته است. اين گسترش و رونق جامعه يهوديدر در ايران، ظاهرا در حكومت غزنويان و سلجوقيان نيز برقرار بود و برخى‌‌از يهوديان توانستند به دربار راه يابند و به خدمت سلاطين غزنوى‌‌و سلجوقى‌‌درآيند. چنانكه شخصى‌‌يهودى‌‌به نام اسحاق از اهالى‌‌غزنه در دربار سلطان محمود مأمور اداره معادن سرب بلخ بوده است. و نيز در دستگاه خواجه نظام الملك، وزير معروف ملكشاه سلجوقى‌‌چند تن از يهوديان در مناصب ديوانى‌‌و مالى‌‌و مالياتى‌‌مشغول خدمت بوده‌اند.

در حملات مغولان و نهايتا در حمله هلاكو، يهوديان ايران نيز همانند ساير مردم، در معرض غارت كشتر مغولان بودند؛ اما روى‌‌كار آمدن ايلخانان در سالهاى بعد و از ميان رفتن مرزبندى‌‌ميان ذمى‌‌و غير ذمى‌‌در آغاز حكومت آنان، به يهوديان امان داد كه بتوانند در امور حكومت فعالانه شركت كنند. چنانكه در دوران سلطنت ارغون خان، فردى‌‌يهودى‌‌به نام سعد الدوله عهده دار منصوب وزارت شد و پس از مرگ ارغوان و سعدالدوله، و در طول حكومت غازان خان كه جزيه را مجددا برقرار نمود- همچنين در عهد جانشينان او- يهوديان همواره در معرض آزار ، تعقيب و تاراج قرار داشتند. در جريان حملات ويرانگر تيمور نيز يهوديان مانند مسلمانان از كشتارها و ويرانگريهاى او آسيب ديدند. چنانكه بنا به قول ابن عربشاه در شهر اصفهان«تيمور.... بفرمود تا جانها تباه سازند و خونها بريزند و.... مسلمانان و اهل ذمت را يكسان انگارند و به دست دژخيم مرگ از ميان بردارند» از چگونگى‌‌زندگى‌‌يهوديان در زمان جانشينان تيمور اطلاع چندانى‌‌در دست نيست و رد پاى اين جامعه را مجددا در سفرنامه‌هاى اروپاييانى‌‌مى‌ توان يافت كه در دوره صفيه از ايران ديدار كرده‌اند.

به استثناى دوران پادشاهى‌‌شاه عباس اول كه در آن يهوديان و ديگر اقليتهاى دينى‌‌در آرامش نسبى‌‌به سر مى‌ بردند، سلطنت صفويه از دشوارترين و پرآزارترين دورانهاى تاريخ حيات يهود در ايران به شمار مى‌ رود. در اين هنگام يهوديان تحت فشار و آزار شديد قرار داشتند و قوانين محدود كننده نا معقول بسيار بر ضد آنان وضع شده بود. در نتيجه اين قوانين و آزار و كشتار و تغيير آيين اجبارى‌‌و مهاجرت به كشور عثمانى،‌‌ جمعيت اين قوم در عصر صفوى‌‌كاش بسيار يافت و تنها با استقرار حكومت نادر شاه افشار و پس از او در دوره حكومت زنديه بود كه جامعه يهود ايران توانست مدت كوتاهى‌‌باز در آسايش به سر برد.

به رغم همه اين نابسامانيها و دشواريها در اين دوران ، شعرا و نويسندگان يهودى‌‌بزرگى‌‌همچون بابايى‌‌لطف، بابايى‌‌فرهاد، ملا بنيامين ابن ملا ميشائيل (امينا)، ربى‌‌موشه لوى،‌‌ شاهين شيرازى‌‌و مولانا عمرانى‌‌در شهرهاى مختلف پديد آمدند. اين شعرا و نويسندگان پيروان سنت ادبى‌‌ديرپايى‌‌بودند كه از نخستين سده‌هاى ورود اسلام به ايران در ميان يهوديان شكل گرفته بود و امروزه «ادبيات يهودي-فارسي» خوانده مى‌ شود. ادبيات يهودي- فارسى‌‌نوع خاصى‌‌از آثار ادبى‌‌زبان فارسى‌‌است كه به خط عبرى‌‌نوشته مى‌ شود و شامل متون مختلفى‌‌است از ترجمه‌ها و تفسيرهاى كتاب مقدس و ديگر كتب دينى‌‌يهود اشعار يهودي- فارسى‌‌، و مطالب غير دينى‌‌ديگر اين نوع خاص ادبى‌‌، نه تنها از لحاظ مطالعات دينى‌‌و ادبى‌‌يهوديان ايران داراى اهميت است، بلكه از نظر زبان شناسى‌‌و مطالعه نخستين مراحل شكل گيرى‌‌فارسى‌‌درى،‌‌ نيز داراى ارزش بسيار است و نمونه‌هايى‌‌از نخستين نوشته‌هاى اين زبان را از سده‌ها 8 و9 دربردارد. ادبيات يهوديي- فارسى‌‌در دوره ايلخانان مغول، يعنى‌‌هنگامى‌‌كه زبان و ادب فارسى‌‌در جامعه يهوديان ايران رواج و نفوذى‌‌تام يافته بود، رشد و گسترش بيش از پيش يافت. همچنين به سبب قطع ارتباط با خارج از كشور در اين دوره رهبرى‌‌دينى‌‌و فرهنگى‌‌يهوديان ايران از بغداد به اصفهان انتقال يافت. در راس جامعه يهودى‌‌در اصفهان «ناسي» قرار داشت كه ربيها، ملاها و ديانها او را در اداره امور اين جامعه يارى‌‌مى‌ كردند. ناسى‌‌مسئول جمع‌آورى‌‌جزيه، و پرداخت به موقع آن به حكومت بود. يكى‌‌از جلوه‌هاى حيات دينى‌‌يهوديان در اين زمان و پس از آن ، زيارت از اماكن مقدس يهود درايران همچون مقبره دانيال نبى‌‌در شوش، و استر و مردخاى در همدان بوده است.

براى يهوديان ايران به قدرت رسيدن پادشاهان قاجار به معناى آغاز دوباره رنج و فقر بود. محدوديتهاى سياسى‌‌و قانونى‌‌بسيار، تبعيض و تضييع گرى‌‌حقوق ، آزار و اجبار به تغيير آيين (به خصوص در مشهد و در زمان محمد شاه). نابسامانى‌‌و كاهش جمعيت از مهم‌ترين ويژگيهاى زندگى‌‌يهويان در اين دوران است. در جهت بهبود وضع زندگى‌‌يهوديان ايران، اتحاديه جهانى‌‌اسرائيليان (يهوديان) و انجمن انگلو- جوئيش در طى‌‌چند سفر ناصرالدين شاه به اروپا كوشيدند تا وى‌‌را براى اقدام در اين جهت متقاعد سازند. اما قولهاى مساعد ناصرالدين شاه و صدور فرمانهايى‌‌در اين زمينه به دليل نابسامانى‌‌اوضاع ثمر چندانى‌‌نبخشيد. سرانجام، با آغاز نهضت مشروطيت در زمان مظفرالدين شاه كه يهوديان نيز در آن نقش فعالى‌‌داشتند- و تشكيل مجلس شورا – كه در مصوبات آن دوگانگى‌‌ميان قوانين مدنى‌‌و شرعى‌‌از ميان برداشته شد و اقليتهاى دينى‌‌از برابرى‌‌حقوق سياسى‌‌و اجتماعى‌‌با ساير ايرانيان برخوردار گشتند- راه براى بهبود شرايط زندگى‌‌يهوديان باز گرديد.